På Kungälvs sjukhus finns åtta kliniker: geriatrik- och rehabiliteringskliniken, medicinkliniken, kirurg-/ortopedkliniken, anestesi/operation/intensivvård, psykiatriska kliniken, akutkliniken, laboratoriemedicin samt röntgenkliniken. Sjukhuset ansvarar också för ambulanshelikoptern, vilken är en regiongemensam resurs.
Sjukhuset har fyra administrativa avdelningar: ekonomiavdelningen, personalavdelningen, informationssystems-/utvecklingsavdelningen samt kansliavdelningen.
Sjukhuset leds av sjukhusdirektören. TIll sin hjälp har sjukhusdirektören en ledningsgrupp bestående av chefläkare, verksamhets- och stabschefer.
På sjukhuset finns också en central samverkansgrupp, bestående av fackliga representanter och representanter för sjukhusets ledning.